新生兒的生理功能與成人不同，對有的藥物比較敏感。有的藥物容易蓄積，故用藥時應特別慎重，用藥不當不僅無效，反而會造成不良后果。所以在新生兒時期濫用藥物或用藥過量，容易引起中毒，一定要在醫生指導下，嚴格掌握好用藥劑量。

有些藥物新生兒應禁止使用，如：

四環素、土霉素能使小兒牙齒染成黃色，而且可以抑制長骨生長；鏈霉素能導致聽力減弱或耳聾；氯霉素能引起灰色綜合征及白細胞降低。

有些藥物新生兒應慎用，如：

磺胺類藥（包括小兒安）易使新生兒發生黃疸；阿斯匹林可引起低位性腸出血；苯巴比妥使用過量，易引起新生兒出血；中成藥一粒丹、至寶錠、救急散含有朱砂，可導致新生兒汞中毒，造成溶血和黃疸。

這些藥在新生兒時期應在醫生指導下使用。

另外，新生兒皮膚粘膜很薄嫩，血管豐富，對藥物的吸收量也較大、較快，故成人用的外敷藥、滴眼藥、滴鼻藥等，用于新生兒時，有時會造成嚴重反應或中毒。如常用的汞劑、新霉素油膏、鼻眼凈，都會因為局部吸收引起中毒。夏季室內使用敵敵畏或用裝化肥、農藥的袋子做尿布，也能經皮膚吸收而造成中毒。