應用微波治療儀治療慢性前列腺炎時，微波治療功率范圍在10～30毫伏，此時主要表現為溫熱效應，經直腸透入與其毗鄰的前列腺，使腺體內溫度均勻升高，組織血管擴張，血運加快，改善前列腺的血液循環，增強白細胞吞噬功能，加速局部新陳代謝產物和毒素的排出，從而促進炎癥的吸收，也可以使膿栓液化，疤痕軟化，膿腫消退，甚至可以直接殺滅腺體內的細菌。文獻報道，此種療法的近期有效率在90%以上。

目前市場上出售的微波治療儀有多種類型，但都靠探頭來發揮治療作用，散發熱量。

方法：患者側臥位，髖膝半屈曲。用避孕套套住治療探頭(以防污染)，外涂以石蠟油，輕輕經肛門插入5～7厘米，預熱數分鐘，將治療儀的輸出功率調到治療范圍，待探頭溫度升到39℃時，開始計時，使探頭溫度維持在41℃～43℃之間30分鐘，每周治療2～3次，10次為1療程，每1療程末查前列腺液以觀察療效。注意在使用微波治療時，探頭溫度不可過高，以防出現組織變性壞死，觀察詢問病人使用探頭治療時感受，若有不適要進行針對性處理。偶有病人接受此項治療后有欲大便感，總體來說，前列腺微波治療是一種安全、無痛的治療方法。