過去認為，口腔潰瘍發病原因不明。現在發現，口腔潰瘍的發生，尤其是反復發生，與自身免疫功能一時降低或長期低下有直接關系。

口腔潰瘍常發生在患感冒、咽炎、腹瀉或其他疾病之后和患慢性病的過程中，如發生在使用激素、抗生素、免疫抑制劑之時。生活規律失常、飲食不周、消化不良、精神緊張、長期便秘、熬夜少眠、過度勞累等情況發生時，自身免疫力有所降低，也會導致口腔潰瘍。所以，在臨床上常常是采用維生素B或復合維生素治療不見效果，使用抗生素治療無明顯療效，潰瘍處涂藥粉也不能治愈，而且這些療法都不能防止口腔潰瘍反復發生。

口腔潰瘍的治療應采取增強自身免疫功能的措施。同時，應避免可導致自身免疫力降低的因素，以從根本上防治口腔潰瘍。