傳統中醫認為：各種原因導致的臟腑經絡氣血運行不暢，或淤滯不行，或產生逆亂，或氣機升降失常等氣血運行障礙的病理改變，引起疼痛癥狀，即“不通則痛”的病機。針灸治療通過對穴位的刺激和溫煦起到疏通經脈，行氣活血的作用，改善了病變部位的氣血運行狀態，從而改善了病痛處營養狀態，恢復其正常的生理活動，即經絡通暢，臟腑恢復相對陰陽平衡。

現代研究認為：中樞神經系統除了有痛覺中樞外，在中樞各級水平還有“痛覺調制系統”，可抑制痛覺向中樞傳遞。針刺信號進入中樞系統后，激發了從脊髓、腦干到大腦各個層次許多神經元的活動，激活了機體自身的鎮痛系統，使鎮痛物質如5-羥色胺、乙酰膽堿、內源性阿片樣物質等分泌增加，從而產生明顯的鎮痛效應。

近年來通過多學科的通力協作，對針灸治病原理、經絡實質、針刺手法等進行深入的研究，證實針灸對機體各系統功能具有調整作用，能增強機體的抗病能力。針灸鎮痛原理已深入到神經細胞、電生理學和神經遞質如腦腓肽等分子水平。西方科學家在研究針灸鎮痛的實驗中，認為針灸可以激發在身體的自然止痛物質釋放，從而緩解疼痛。針灸止痛的效果有一個遲緩發作效應，它們緩慢增加，甚至當取針后，才會感到它的止痛效果。治療幾次后效果會更明顯。這種效果在停止針灸治療一段時間后會消失。此外針灸還有抗炎、止痛、解痙、抗休克和抗麻痹的作用。