由于中藥的成分復雜，化學結構難以定性，因此，在中西醫結合治療中還存在中西藥物配伍禁忌的問題。常見的中西藥配伍禁忌主要可分為如下幾類。

　　降低療效或增加毒副作用

　　中藥四季青、黃藥子對肝臟有損害作用，如配伍四環素，除降低前二者的療效外，還可增加它們的毒性;石榴皮、地榆、訶子、五味子與紅霉素聯用，易發生藥物中毒性肝炎；中藥川烏、草烏、附子以及含有這類藥物和生物堿的中成藥，如小活絡丹、三七片、元胡止痛片、黃連素等與氨基糖苷類藥物合用，可增強對聽神經的毒性。

　　復方丹參注射液與抗癌藥物配伍，如環磷酰胺、氟尿嘧啶、阿糖胞苷、絲裂霉素等，配伍應用后對腫瘤細胞不僅無抑制作用，反而會促進惡性腫瘤的轉移；阿托品具有解除迷走神經對心臟的抑制作用而使心率加速，與丹參及其制劑配伍后，丹參所具有的降低血壓功效，可被阿托品所阻斷，從而使丹參的藥效降低。丹參中所含的活性成分丹參酮能拮抗雄性激素的作用，若與甲基睪丸素、丙酸睪丸素等雄性激素配伍，可以降低雄性激素的活性，影響其療效。

　　含乙醇的中成藥如國公酒、藿香正氣水、風濕止痛藥酒、人參酒等與苯巴比妥、苯妥英鈉、安乃近及降血糖西藥合用，則因乙醇的藥酶誘導作用，增加對肝藥酶的活性，使上述西藥在體內的代謝加快、半衰期縮短，以致顯著降低療效。

　　含蛋白質及其水解產物的中成藥，如珍珠丸、清熱解毒丸、牛黃解毒丸等，不宜與黃連素同服，因所含蛋白質等成分可拮抗黃連素的抗菌作用。血余炭、艾葉炭、煅瓦楞能吸附多種抗生素，減少其在胃腸道內的有效濃度。茵陳可拮抗氯霉素的抗感染能力。

　　含牛黃的中成藥，如牛黃解毒丸、安宮牛黃丸等，不宜與水合氯醛、嗎啡、苯巴比妥等西藥聯用，因為牛黃能增加水合氯醛、嗎啡、苯巴比妥的中樞神經抑制作用，可能出現急性中毒，如昏睡、呼吸中樞抑制、低血壓等。

　　麻仁石甘片、止咳定喘膏、防風通圣丸、哮喘沖劑、通宣理肺丸等含有麻黃的中成藥與降血壓藥同服，可因麻黃中的有效成分麻黃素的收縮動脈血管作用而致血壓升高，會抵消降壓藥的療效，甚至會升高血壓；也不宜與單胺氧化酶抑制劑痢特靈、優降寧、苯乙肼、甲基芐肼、異煙肼等合用，因單胺氧化酶抑制劑，可抑制單胺氧化酶的活性，使腎上腺素神經末梢貯存的遞質滅活受阻，而使麻黃及其制劑中的麻黃堿升壓作用加強，有導致高血壓危象和腦出血的危險。也不宜與強心藥合用，麻黃堿可興奮心肌β受體，加強心肌收縮力，因而可使洋地黃類強心藥的作用增強、毒性增加，易致心律失常及心衰等不良反應。

　　含有鈣離子的中藥，如石膏、龍骨、瓦楞子等，均不宜與強心苷類藥物合用，因為強心苷類藥物作用時通過心肌釋放鈣離子，而含大量鈣離子的中藥會加強強心苷的作用和毒性。復方甘草片與強心苷類藥物配伍，易導致心臟對強心苷敏感而引起中毒。

　　甘草、復方甘草合劑等甘草制劑和鹿茸、首烏及其制劑不能與阿司匹林及降血糖藥物合用。與阿司匹林合用，可增加胃腸道不良反應，甚至誘發或加重消化道潰瘍。甘草可拮抗降血糖藥如胰島素、降糖靈等的作用。

　　金銀花、連翹、黃芩、魚腥草等，不宜與乳酶生、整腸生、胃酶制劑等合用，因為這些中藥在抵抗病菌的同時也抑制或降低了后者的活力。

　　中藥桃仁、白果、杏仁與安定類等鎮靜催眠藥合用會抑制呼吸中樞、損害肝臟。抗癲癇藥與蒼耳子、雷公藤合用可加重肝臟損害。元胡止痛片、健胃片、大活絡丸等，不宜與阿托品、麻黃堿等生物堿類配伍，以免加重其毒副反應。