非淋菌性尿道炎的潛伏期較淋病的長一些，平均約1～3周。它的典型表現為尿道炎的癥狀，尿道刺癢、灼痛，可伴輕重不同的尿急、尿痛、尿道紅腫，尿道口有黏液性分泌物。患者長時間不排尿或晨起首次排尿時，可發現尿道分泌物結成的痂膜封住了尿道口，人們稱之為“糊口”現象。

一般情況下，男性非淋菌性尿道炎患者的癥狀較女性更為明顯些。但需要注意的是，由于許多非淋菌性尿道炎患者在感染初期，癥狀并不典型，甚至可以無癥狀，因此很難引起患者的高度重視或者在初診時被醫生漏診。

雖然非淋菌性尿道炎本身的癥狀并不明顯，但如果患者未能及時就診，進行治療，很容易造成比較嚴重的后遺癥。在男性，可以引起附睪炎、睪丸炎、前列腺炎、精囊精索炎等，長期的慢性炎癥刺激可以造成輸精管管腔增厚、狹窄而致男性不育癥。