一般情況下，陰囊受到過冷的刺激，會出現收縮現象，這是正常的，不屬睪丸萎縮癥。醫學上的睪丸萎縮，是指睪丸原先是正常的，后出于某種原因，才逐步萎縮變小。其原因大致有以下幾種。
病毒感染病毒感染是誘發兒童與青少年睪丸萎縮最為常見的病因，尤其是流行性腮腺炎病毒，俗稱“痄腮”病。當睪丸受此病毒侵襲后，睪丸內的生精組織會受到破壞，睪丸體積縮小，質地變軟。
損傷陰囊或睪丸部位發生過撞擊性損傷，造成陰囊血腫或睪丸裂傷等，即使創傷愈合，睪丸也會長期處于供血不充裕狀態，發生萎縮。
炎癥重度睪丸炎，發病時睪丸腫脹、疼痛，可以持續多日。由于細菌侵犯而造成睪丸組織破壞，導致睪丸組織發生萎縮。
放射性物質影響凡是較長時間接觸放射性物質者，例如長期從事X線、同位素等職業人員，如未作很好保護，會引起睪丸萎縮癥。
內分泌疾病睪丸是一種內分泌器官，主要產生雄激素，而身體上許多指揮內分泌的器官，如腦垂體、腎上腺、丘腦下部等出現疾病，都會干擾睪丸的功能，引起睪丸萎縮。
藥物影響長期服用某些有毒性藥物，例如砷劑，或者反復使用對抗雄激素的雌激素類藥物，例如乙芪酚等，都會引起睪丸萎縮。