雖然許多父母對自己孩子陰莖的大小都很關心，但實際上小陰莖并不常見。嚴格地說，小陰莖是在胚胎中形成的，它主要表現為大小的異常，而并非形狀的異常。小陰莖的尿道口位置是正常的，可區分陰莖的頭部和體部;睪丸的大小可能是正常的。小陰莖的病因尚不清楚，不過有時似乎與妊娠后第4～9個月期間雄激素分泌不足有關。在某些情況下，小陰莖也可出現于其他疾患中，這些疾患表現為下丘腦或垂體的異常(例如無腦畸形，先天性垂體缺如，Prader-Willi氏綜合癥，Kallman氏綜合癥和Meckel氏綜合癥)或是睪丸異常，或是染色體異常;而另一些小陰莖病人也可見于健康嬰兒。
鑒于小陰莖可能對成長中的兒童造成心理上的影響，因此局部應用1%的睪丸酮霜治療約3～6個月，是—種可取的方法，此種治療常可使陰莖發育到中等大小。如果此方法療效不滿意，則可考慮腸道外給予睪丸酮治療3個月;據報告，這樣處理可促進陰莖生長，而僅有短暫的促進骨骼生長作用及輕度的男性化作用。然而，應當強調指出，在兒童期應盡量避免使用過多的雄激素，因為雄激素治療引起的骨髖過早愈合可能會限制以后的長骨生長。Money和Mazur二氏最近報告，應用幼年型可彎曲的塑料陰莖給一名9歲的小陰莖患者植入獲得成功。這一手術已使該患兒能夠站立排尿，因而使其增強了自尊心。
由于青春期正常的睪丸酮分泌能促進陰莖的生長，因此，如果成年期仍然表現為小陰莖，則反映了患者體內潛在的性激素紊亂。如果證實確有睪丸酮缺乏，則腸道外給予睪丸酮可能有一定療效。然而，大多數關心自己陰莖大小的男性，其陰莖在解剖上都是正常的。在某些情況下，由于肥胖或陰囊腫脹，陰莖可能顯得很小，但這并非本節中所說的“小陰莖”。除非確實是小陰莖，陰莖的大小一般不會對性功能造成有害影響。不過，那些對陰莖大小過分擔心的人(包括男性和女性)，則很可能由于擔心而發生***困難。