子宮內膜異位癥是一個復雜而深奧的疾玻異位多發生在盆腔臟器，但也出現在胸膜、肺臟、臍部、四肢、肌肉、腦膜、心包等處，由于異位廣泛，目前醫學界認為，此病是由多種病因綜合所致。
一、經血逆流，內膜種植。月經期，經血從宮口、陰道排出*外是順流而下，但是有小部分經血或因其他原因夾雜著脫落的子宮內膜碎片，由輸卵管道流進入腹腔，種植在盆腔臟器的表層形成子宮內膜異位病灶，這是主要原因。
二、漿膜上皮，化生內膜。*在胚胎發育時期，卵巢表面上皮、腹膜、陰道直腸膈、臍部均由體腔上皮化生而來，這些組織在性腺激素、炎癥、機械因素的刺激下能夠轉化，形成另一種組織，同樣可以化生為子宮內膜，因為不在宮腔，就成了異位的內膜。
三、血液淋巴，良性轉移。這是一種較為罕見的發病原因。出現在肺部、腦膜、心包、四肢及其他遠端的子宮內膜異位癥，是通過血液循環或淋巴系統將子宮內膜碎屑轉移停留在某臟器或組織上而發玻。
四、醫源性的內膜移植。這是一種人為造成的使子宮內膜移植到某些部位，多見于剖腹產術，早期中期妊娠行刮宮術，分娩時行會陰側切術，人工流產術等過程中。因宮腔血液中含有內膜而被種植于腹腔、腹壁、會陰等處。
五、免疫防御功能缺陷。隨經血逆流至腹腔的子宮內膜，如同一種異物，會激活身體內的免疫系統，動員出大量的免疫細胞及體液圍殲消除，假如體內免疫功能缺陷，就會發展成為子宮內膜異位癥。
六、內分泌功能失調。異位的子宮內膜，無論來源如何，其生長變化均與卵巢內分泌有關，雌激素能促進生長，孕激素能使其抑制，臨床發現大多數患者，孕激素缺乏，因此助長了本病的發生發展。
七、遺傳與體質的因素。臨床觀察發現，有家族病史的人患此病居多。體質因素中如肥胖、超重、身長過高等亦有一定關系。
以上為已知的病因，幾種病因相互影響，才能引發子宮內膜異位癥。