陰道毛滴蟲的致病力隨著蟲株及宿主生理狀況免疫功能、內分泌以及陰道內細菌或真菌感染等而改變，尤其是婦女在妊娠及泌尿生殖系統生理失調時更易出現炎癥感染數天后，陰道粘膜出現充血、水腫上皮細胞變性脫落，白細胞炎癥反應。健康婦女陰道因乳酸桿菌作用pH值維持在3.8-4.4之間，可抑制其他細菌生長，不利于滴蟲生長稱為陰道的自凈作用。然而滴蟲在陰道中消耗糖原，妨礙乳酸桿菌的酵解作用影響乳酸濃度，從而使陰道pH轉為中性或堿性。妊娠及月經后的陰道生理周期使pH接近中性這些都有利于滴蟲繁殖，因而感染和復發率較高。

　　感染初期毛滴蟲對陰道上皮細胞粘附，并產生細胞外毒性因子。粘附過程除涉及到至少四種粘附蛋白（2-65KD）的參與外還與毛滴蟲的阿米巴樣變形有關，已報道毛滴蟲分泌的毒性因子包括：細胞分離因子，兩種半胱氨酸蛋白酶（30KD和6KD）以及一種溶血毒素。溶血作用可能是滴蟲與紅細胞直接作用的結果。