1、 音樂治療在心理治療過程中的主、輔關系
心理疾病在未發展到出現精神疾病或其它生理疾病癥狀之前，音樂治療可以作為心理治療的一種主要手段，而在這之后，音樂治療只能作為一種輔助治療手段來使用。否則，就會出現過分夸大或過分削弱音樂治療作用的現象。而任何一種武斷的學說，都會違背客觀事物的發展規律，影響音樂治療學的科學、健康的發展。因此，作為一種古老而又年輕的心理治療方法，我們在運用音樂治療手段服務于人們的身心健康時，有必要從被治療者不同背景、不同角度、不同個案來客觀、合理、科學的分清音樂治療在這一過程中的主、輔關系。
2、在音樂治療過程中的主動介入和被動接受
在一些醫療單位，音樂治療作為一種輔助治療手段使用時，由于治療師對音樂曲式、和聲、復調的認識理解不夠，導致無法準確地選用與患者情緒相對應的音樂來治療，大大削弱了音樂治療的效果。有的以醫學為主要專業背景的治療師，無法從音樂心理學的角度引導患者參與音樂活動，往往會造成音樂在治療過程中的主動介入而被動接受的局面。這一問題希望能引起有關單位的重視。
3、盲目的“音樂處方”給音樂治療效果帶來不確定因素
單純的以為輕松、自如、舒展的音樂可以治療抑郁癥、睡眠障礙；低沉、緩慢的音樂可以治療焦慮情緒；積極、歡快的音樂可以治療自閉癥及人際交往障礙等等，為患者開音樂處方，把對音樂治療的理解只停留在緩解、放松人的情緒層面上，這種認識誤解了音樂治療的概念，在沒有專業音樂治療師的指導下盲目運用，模糊了音樂減壓和治療的方法，會給患者的治療帶來一些不確定的因素。
4、制定治療方案和選用治療音樂時需要關注的幾個問題
（1）音樂治療的時間，每次不宜過長或過短，一般每次時間掌握在一到二小時之間，個別特殊情況要根據患者的具體實際及治療效果而定。
（2）治療過程中注意觀察患者的內在感受和外在表現。
（3）注意插入暗示語言的時機。
（4）治療過程中，所用音樂形式、內容應根據患者互動的適應情況及時調整變換。
（5）在患者出現異常情緒反應時及時終止音樂治療。
（6）治療師如遇到問題較嚴重且自己解決不了的個案時，應及時采取轉介方式處理，以免延誤患者病情，防止出現其它意外事件發生。